I pescatori locali conoscevano la grotta da secoli, ma i motoscafi turistici hanno iniziato a effettuare corse regolari solo nei primi anni 2000, quando gli arrivi delle crociere a Cattaro hanno superato il mezzo milione di passeggeri all'anno. L'imboccatura della grotta è alta tre metri con la bassa marea; all'interno, la volta raggiunge i dodici metri e l'acqua, ricca di minerali, mantiene la sua tonalità luminosa tra aprile e ottobre, quando la luce solare colpisce con l'angolazione corretta. La visibilità raggiunge il picco nelle due ore successive all'alba, prima che il vento increspi la baia.
La maggior parte dei tour in barca alla Grotta Blu di Cattaro abbina la grotta a una sosta presso Nostra Signora dello Scarpanto, l'isolotto artificiale a un miglio dalla costa di Perast. I marinai veneziani iniziarono ad affondare galee pirata catturate e pietre da carico qui nel 1452, costruendo l'isola roccia dopo roccia nel corso di due secoli. La chiesa barocca che corona la barriera artificiale custodisce cinquantotto dipinti votivi commissionati dai mercanti di Perast, ogni tela è un ringraziamento per essere sopravvissuti in mare. Il museo adiacente al santuario espone strumenti di navigazione, paramenti d'altare ricamati e un pannello dell'originale cappella in legno che precedeva la chiesa in pietra. L'ingresso costa due euro a persona, una tassa di conservazione che finanzia i lavori di riparazione della muratura e di drenaggio; l'isolotto non riceve sussidi statali e dipende interamente dai contributi dei visitatori. La chiesa è aperta tutti i giorni dalle 09:00 alle 18:00 e la finestra temporale migliore per l'arrivo è tra le 09:00 e le 10:00, prima che le navi da crociera di mezzogiorno gettino l'ancora e scarichino le lance.
Gli itinerari del tour in barca alla Grotta Blu di Cattaro solitamente assegnano trenta minuti alla grotta per nuotare e scattare foto, seguiti da quaranta minuti alla chiesa sull'isola. Gli operatori di motoscafi partono dal molo del centro storico di Cattaro o dal lungomare di Perast; il viaggio da Cattaro dura venticinque minuti, da Perast dodici. I noleggi privati consentono orari flessibili, mentre le partenze di gruppo seguono programmi fissi con due o tre corse ogni mattina. La temperatura dell'acqua nella baia varia dai diciotto gradi Celsius di maggio ai ventiquattro di agosto. Il fondale della grotta scende a quindici metri a due bracciate dall'ingresso e la camera si restringe verso il fondo, dove il soffitto scende fino a essere a portata di mano dalla superficie. Nessuna luce artificiale illumina l'interno; il bagliore blu esiste solo quando le condizioni naturali si allineano. Gli operatori annullano i viaggi con venti superiori ai quindici nodi, quando l'azione delle onde rende l'imboccatura della grotta impraticabile.
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