Os pescadores locais conheciam a gruta há séculos, mas as lanchas turísticas começaram a fazer percursos regulares apenas no início dos anos 2000, quando as chegadas de cruzeiros a Kotor ultrapassaram meio milhão de passageiros por ano. A entrada da gruta tem três metros de altura na maré baixa; no interior, a abóbada atinge doze metros, e a água rica em minerais mantém o seu tom luminoso entre abril e outubro, quando a luz solar incide no ângulo correto. A visibilidade atinge o pico nas duas horas após o amanhecer, antes que o vento encrespe a baía.
A maioria dos passeios à Gruta Azul de Kotor combina a gruta com uma paragem em Nossa Senhora das Rochas (Our Lady of the Rocks), o ilhéu artificial a uma milha da costa de Perast. Os marinheiros venezianos começaram a afundar galés piratas capturadas e pedras de carga aqui em 1452, construindo a ilha pedra a pedra ao longo de dois séculos. A igreja barroca que coroa o recife artificial contém cinquenta e oito pinturas votivas encomendadas por mercadores de Perast, cada tela um agradecimento pela sobrevivência no mar. O museu adjacente ao santuário exibe instrumentos de navegação, toalhas de altar bordadas e um painel da capela de madeira original que precedeu a igreja de pedra. A entrada custa dois euros por pessoa, uma taxa de conservação que financia reparações de alvenaria e trabalhos de drenagem; o ilhéu não recebe subsídios estatais e depende inteiramente das contribuições dos visitantes. A igreja abre diariamente das 09:00 às 18:00, e a melhor janela de chegada é das 09:00 às 10:00, antes que os navios de cruzeiro do meio-dia lancem âncora e descarreguem os barcos de apoio.
Os itinerários dos passeios de barco à Gruta Azul de Kotor reservam normalmente trinta minutos na gruta para natação e fotografia, e depois quarenta minutos na igreja da ilha. Os operadores de lanchas partem do cais da cidade velha de Kotor ou da orla marítima de Perast; o percurso a partir de Kotor demora vinte e cinco minutos, e a partir de Perast doze. Os fretamentos privados permitem horários flexíveis, enquanto as partidas em grupo seguem horários fixos com duas a três viagens por manhã. A temperatura da água na baía varia de dezoito graus Celsius em maio a vinte e quatro em agosto. O fundo da gruta desce para quinze metros a dois batimentos da entrada, e a câmara estreita-se em direção à parte posterior, onde o teto desce até ficar ao alcance da mão da superfície. Nenhuma iluminação artificial ilumina o interior; o brilho azul existe apenas quando as condições naturais se alinham. Os operadores cancelam as viagens com ventos acima de quinze nós, quando a ação das ondas torna a entrada da gruta intransitável.
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