Les pêcheurs locaux connaissaient la grotte depuis des siècles, mais les hors-bord touristiques n'ont commencé leurs passages réguliers qu'au début des années 2000, lorsque les arrivées de navires de croisière à Kotor ont dépassé le demi-million de passagers par an. L'entrée de la grotte mesure trois mètres de haut à marée basse ; à l'intérieur, la voûte atteint douze mètres, et l'eau riche en minéraux conserve sa teinte lumineuse entre avril et octobre, lorsque la lumière du soleil frappe selon l'angle correct. La visibilité atteint son apogée dans les deux heures suivant l'aube, avant que le clapotis du vent ne trouble la baie.
La plupart des excursions vers la Grotte Bleue de Kotor associent la grotte à une halte à Notre-Dame des Rochers, l'îlot artificiel situé à un mille au large de Perast. Les marins vénitiens ont commencé à y couler des galères pirates capturées et des pierres de cargaison en 1452, construisant l'île pierre par pierre sur deux siècles. L'église baroque qui couronne le récif artificiel abrite cinquante-huit peintures votives commandées par des marchands de Perast, chaque toile étant un remerciement pour avoir survécu en mer. Le musée adjacent au sanctuaire expose des instruments de navigation, des nappes d'autel brodées et un panneau de la chapelle en bois originale qui précédait l'église en pierre. L'entrée coûte deux euros par personne, une taxe de conservation qui finance les réparations de maçonnerie et les travaux de drainage ; l'îlot ne reçoit aucune subvention de l'État et dépend entièrement des contributions des visiteurs. L'église est ouverte tous les jours de 09h00 à 18h00, et le meilleur créneau d'arrivée est de 09h00 à 10h00, avant que les navires de croisière de la mi-journée ne jettent l'ancre et ne déploient leurs navettes.
Les itinéraires des excursions en bateau vers la Grotte Bleue de Kotor prévoient généralement trente minutes à la grotte pour la baignade et la photographie, puis quarante minutes à l'église insulaire. Les opérateurs de hors-bord partent du quai de la vieille ville de Kotor ou du front de mer de Perast ; le trajet depuis Kotor prend vingt-cinq minutes, et douze minutes depuis Perast. Les locations privées permettent une flexibilité horaire, tandis que les départs en groupe suivent des horaires fixes avec deux à trois traversées par matinée. La température de l'eau dans la baie varie de dix-huit degrés Celsius en mai à vingt-quatre en août. Le fond de la grotte descend à quinze mètres à deux brasses de l'entrée, et la chambre se rétrécit vers l'arrière, où le toit descend à portée de main de la surface. Aucun éclairage artificiel n'illumine l'intérieur ; l'éclat bleu n'existe que lorsque les conditions naturelles sont réunies. Les opérateurs annulent les voyages si les vents dépassent quinze nœuds, car l'action des vagues rend l'entrée de la grotte impraticable.
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